NCBI Primer-BLAST

經(jīng)典免費在線工具，2025 年仍保持每月一次的小版本更新，基因庫最全。缺點是排隊時間從 30 s 延長到 3–10 min，高峰時段更慢

無中文界面，離線不可用。

2025 年場景化結(jié)論：臨時設(shè)計幾條 qPCR 引物、且不趕時間時首選。

Primer3Plus

開源算法“老大哥”，參數(shù)細到令人發(fā)指，能玩出花，但學(xué)習(xí)曲線陡。2025 年起官方鏡像開始支持 REST API，方便腳本批量調(diào)用。

2025 年場景化結(jié)論：生信團隊需要腳本化、定制化搜索時用它最靈活。

Primer Premier 6（Premier Biosoft）

桌面老牌，功能覆蓋 PCR、qPCR、巢式、SNP、簡并、多重等幾乎所有場景。2025 年售價依舊堅挺（單席位永久 ¥6 k）。英文界面，無本地化 Blast。

2025 年場景化結(jié)論：經(jīng)費充足、追求“一把梭”全功能且不介意英文環(huán)境的課題組可一次買斷。

引物設(shè)計大師 1.3.7安裝包

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Oligo 7

業(yè)內(nèi)公認(rèn)的“評估權(quán)威”，熱力學(xué)模型最精細，可一鍵出圖給評審看。但搜索功能弱，常與 Premier 搭配：Premier 搜、Oligo 評。

2025 年新版仍只有英文，無網(wǎng)絡(luò) Blast。

2025 年場景化結(jié)論：發(fā)高水平文章需要做嚴(yán)謹(jǐn)引物熱力學(xué)評估時，用它做二次校驗。

可視化克隆“王者”。引物設(shè)計只是其附帶功能，拖拽式操作極友好，但缺本地 Blast、缺中文。2025 年訂閱價 ¥4 500/年。

2025 年場景化結(jié)論：主要做質(zhì)粒構(gòu)建、偶爾順帶設(shè)計引物的實驗室值得入手，純引物需求則性價比低。

Benchling（云端）

2025 年已升級到“三通道 AI 優(yōu)化”——實時抓取 PubMed 最新文獻數(shù)據(jù)輔助設(shè)計。協(xié)作、審計功能強大，但數(shù)據(jù)需上傳境外云。教育價 ¥2 500/人/年。

2025 年場景化結(jié)論：跨國團隊、IT 允許上云的初創(chuàng)公司，用它可同時做項目管理和引物設(shè)計。

Beacon Designer 8

專攻 TaqMan、分子信標(biāo)、FRET 探針，算法來自 Premier 公司，探針 Tm 可精確到小數(shù)點后一位。2025 年售價 ¥8 k/永久，仍無中文。

2025 年場景化結(jié)論：做多重?zé)晒馓结槨?shù)字 PCR 的實驗室，省調(diào)試時間就是省錢。

引物設(shè)計大師（PrimerDesignPro）

國產(chǎn)桌面軟件，2025 年 8 月最新版 V3.2。中文界面、本地 Blast 3–6 s 完成、支持 GLP 審計追蹤，可批量跑 10 000 條序列。教育/醫(yī)院價 ¥3 k/席位/年。

2025 年場景化結(jié)論：企業(yè)、醫(yī)院、合規(guī)實驗室大批量設(shè)計且需要審計報告時，直接上車最省心。

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